В центре Кремля к этому времени возвышалась дозорная сигнальная башня, которая получила в истории известность под названием колокольни Ивана Великого. Привычный для современников внешний вид эта башня получила в 1600 г., во времена правления Бориса Годунова.

В XVI столетии произошло два важнейших события в судьбе Москвы: это венчание на царство в 1547 г. первого русского царя из династии Рюриковичей Ивана Грозного и поставление Патриарха Московского и всея Руси Иова в 1589 г. И венчание на царство, и поставление патриарха происходило в Успенском соборе Кремля.

В Москве возвели три пояса защиты, а в 1535–1538 гг. великая княгиня Елена Глинская приказала итальянцу по имени Петрок Малый поставить мощное крепостное укрепление, способное защитить городской посад, расположенный у восточных стен Кремля и получивший название Китай-город. Хотя, надо признаться, посад не имел ни малейшего отношения к Китаю. После сооружения трех крепостных стен Москва стала напоминать срез гигантского дерева.

Конец XVI – начало XVII столетия известны в истории Русского государства как Смутное время. В 1598 г. окончательно пресеклась древняя династия Рюриковичей, которая правила с XIII в., от Даниила Московского до Федора Иоанновича. Кремль увидел и Лжедмитрия I, и поляков-интервентов, и народное ополчение, которое под руководством князя Дмитрия Пожарского и Кузьмы Минина освободило русскую столицу от ненавистных ляхов. В 1612 г. на московском престоле появилась новая династия – Романовы.

XVII столетие внесло определенные изменения в облик Кремля. Дальнейшее укрепление Русского государства в этот период способствовало развитию и расцвету русской культуры, и прежде всего искусства и архитектуры.

В Московском Кремле шел капитальный ремонт и перестройка всех обветшавших строений, а на месте старых дворцов возводились каменные палаты – терема. С 1635 по 1656 г. были возведены Патриаршие палаты и небольшая по размеру церковь «Двенадцать апостолов». В 1682 г. произошел пожар, после которого заново отстроилась древняя Грановитая палата. Кремлевские башни украсились высокими изящными кирпичными шатрами с черепичным покрытием и золочеными флюгерами. Второй царь из династии Романовых, Алексей Михайлович, распорядился переименовать некоторые московские улицы и кремлевские башни. Так, например, Фроловская башня обрела новое название – Спасская.

Еще один страшный пожар произошел в 1701 г. Во время него сгорели все деревянные строения, расположенные в северо-западной части Кремля. Были уничтожены и Житные дворы. В 1702 г. на их месте Петр I приказал специальным указом заложить обширное здание Арсенала, где предполагалось хранить оружие и военные трофеи. Надо сказать, что Петр вообще не испытывал ни малейшего почтения к патриархальной старине. Он жаждал перемен, которые хотел внести и в архитектурный облик Москвы. Прежде всего царь попробовал видоизменить древний Кремль, где возвел упомянутый выше Арсенал, который вытянулся от Троицкой до Собакиной башни.

Политическая обстановка в начале XVIII столетия обострилась в связи с тем, что назревала война со шведами, а значит, существовала срочная необходимость дальнейшего укрепления Кремля, учитывая все военно-технические достижения того времени.

С 1707 г. по всему периметру крепостных стен и башен начали возводить бастионы и прокапывать рвы. Кремль был в полной боевой готовности и мог дать достойный отпор любому противнику, однако это не потребовалось благодаря сокрушительному поражению шведов от русской армии под Полтавой.

Поскольку Москва упорно сопротивлялась новшествам и не желала менять исконный древнерусский облик, то в 1712 г. она перестала быть столицей России. В 1713 г. в государстве появилась новая столица – Петербург, а Московский Кремль превратился в место временного пребывания царского двора. Государи и государыни России прибывали сюда на коронование, а также поклониться славным предкам и древним святыням. Москва уступила место Петербургу, и вследствие этого Кремль в течение всего XVIII столетия находился в плачевном, крайне запущенном состоянии. Большинство его строений многие годы не ремонтировались, даже после пожаров, и ветшали буквально на глазах. Например, в 1737 г. произошел большой пожар, вошедший в историю под названием Троицкого. В это время пострадали деревянные здания Кремлевского ансамбля, была уничтожена внутренняя отделка каменных сооружений. Только что выстроенный Арсенал также едва не погиб в пожаре и в течение долгих лет не восстанавливался. Лишь в 1749 г. архитектор В. В. Растрелли построил небольшой дворец для императрицы Елизаветы Петровны на месте старых царских палат. Своего прежнего значения для России Москва все же не утратила, и Елизавета Петровна всерьез подумывала о переносе столицы обратно – из Петербурга в Москву.

Оживленные строительные работы на территории Кремля начались только во второй половине XVIII в. В 1773 г. зодчий В. И. Баженов разработал проект, по которому у подножия Кремлевского холма на берегу Москвы-реки началась закладка обширного Кремлевского дворца. По плану архитектора главный фасад строения должен был выходить на набережную реки и охватывать боковыми крыльями все старинные кремлевские постройки. Но, к сожалению, на этот грандиозный проект в казне не хватило средств, а потому строительство дворца пришлось прекратить. С 1776 по 1788 г. архитектор М. Ф. Казаков непосредственно напротив Арсенала, в северной части комплекса, возвел великолепное здание Сената. В 1806–1812 гг. архитектор И. В. Еготов выстроил исполненное истинного величия строение для исторических и художественных сокровищ Оружейной палаты, где они и хранились до 1851 г.

Д. Кардовский. Москва в сентябре 1812 года

Наступил незабываемый для Русского государства 1812 г. В сентябре армия Наполеона заняла Москву и вступила в древний Кремль. Однако недолго пришлось торжествовать французскому императору, поскольку под неудержимым напором русских войск непобедимая ранее армия поспешно оставила русскую столицу. Покидая Москву, Наполеон отдал приказ взорвать Кремль, но исполнить это чудовищное намерение помешало мужество простых горожан. Взрывы на территории Кремля все же прозвучали: были разрушены Водовзводная, 1-я Безымянная, Петровская башни, а также звонница колокольни Ивана Великого. Пострадали Никольская башня и Арсенал. Несколько меньшие повреждения получили Боровицкая и Угловая Арсенальная башни. Все остальные здания были спасены и остались практически невредимы.