Помолчав, Роман Андреевич добавил: „Если Стрельцов виноват и мы сможем это доказать, то его поклонники быстро не успокоятся. Будут пытаться его любой ценой реабилитировать… Нам нужно быть к этому готовыми”.

Как в воду смотрел Роман Андреевич».

После июльского (1953 г.) Пленума ЦК КПСС повеяло «оттепелью» и какой-то, пусть урезанной, ограниченной определенными рамками, но все же свободой. Органы внутренних дел и государственной безопасности, ранее вершившие все дела, теперь отодвигались на второй план. Восстанавливались в своих правах суды и прокурорский надзор. Внесудебные органы расправы ликвидировались. Самым одиозным из них было Особое совещание при Министерстве внутренних дел, рассматривавшее долгие годы основной массив политических дел по пресловутой 58-й статье Уголовного кодекса РСФСР.

Вскоре после своего назначения Руденко подписал первые документы, касающиеся реабилитации невинно привлеченных к уголовной ответственности лиц. Совместно с министром Вооруженных сил Н. А. Булганиным и председателем Военной коллегии Верховного суда А. А. Чепцовым он подписал записку о необходимости реабилитации большой группы генералов и адмиралов Советской армии, арестованных в годы сталинского правления. В ней отмечалось, что в период с 1941 по 1952 год было арестовано генералов и адмиралов 101 человек. Многие из них находились под следствием до 10 лет, к ним применялись незаконные методы следствия, пытки, вследствие чего 12 генералов умерли в заключении.

По этой записке Президиум ЦК КПСС принял постановление, обязывающее Военную коллегию Верховного суда пересмотреть дела на осужденных генералов и адмиралов, а МВД – прекратить дела, находящиеся в производстве, а также освободить из-под стражи членов семей осужденных генералов, подлежащих полной реабилитации.

Первого сентября 1953 года Президиум Верховного Совета СССР упразднил Особое совещание. Одновременно с этим Верховному суду СССР было предоставлено право пересматривать по протесту Генерального прокурора СССР решения бывших коллегий ОГПУ, троек НКВД – УНКВД, Особого совещания при НКВД – МГБ – МВД.

8 декабря 1953 года Руденко совместно с министром внутренних дел Кругловым направил секретарю ЦК КПСС Хрущеву записку с предложением реабилитировать лиц, осужденных пресловутым Особым совещанием при НКВД – МВД. В ней отмечалось, что за все время существования Особого совещания (с 5 ноября 1934 года по 1 сентября 1953 года) им было осуждено в подавляющем большинстве за контрреволюционные преступления 442 531 человек, в том числе приговорено к расстрелу – 10 101 человек, к лишению свободы – 360 921, а остальные – к иным мерам наказания (ссылке, высылке, принудительному лечению и т. п.).

В записке признавалось, что по этим делам допускались «грубейшие извращения советских законов». В частности, в соответствии с секретной директивой МГБ и Прокуратуры СССР от 26 октября 1948 года многие лица из числа осужденных за контрреволюционные преступления, освобожденные из мест заключения по окончании Великой Отечественной войны, без каких-либо поводов вновь привлекались к уголовной ответственности за те же самые «преступления», за которые они отбыли наказание. Причем если во время следствия не удавалось собрать данные об их антисоветской деятельности после освобождения, то их дела направлялись на рассмотрение Особого совещания для ссылки их на поселение. (С момента издания этой директивы и до упразднения Особого совещания в ссылку на поселение было направлено 20 272 человека.)

Для пересмотра архивных следственных дел авторы записки предлагали создать комиссию в составе Генерального прокурора Руденко, министра внутренних дел Круглова, председателя Верховного суда СССР Волина и заведующего отделом административных и торгово-финансовых органов ЦК КПСС Дедова. Заключения комиссии должны были направляться в Верховный суд СССР для вынесения решения об отмене постановлений Особого совещания. Работу предполагалось закончить в течение шести месяцев.

Однако вскоре стало ясно, что нужна более масштабная реабилитация невинно осужденных.

19 марта 1954 года Руденко, министр внутренних дел Круглов, председатель КГБ при Совете Министров СССР Серов и министр юстиции СССР Горшенин направили в Президиум ЦК КПСС записку с предложением образовать Центральную комиссию по пересмотру дел осужденных за «контрреволюционные преступления», содержащихся в лагерях, колониях, тюрьмах и находящихся в ссылке на поселении. В ней отмечалось, что «с целью истребления честных, преданных делу коммунистической партии и Советской власти кадров, преступники, пробравшиеся в органы МВД, сознательно насаждали произвол и беззаконие, совершали незаконные аресты ни в чем не повинных советских граждан, применяли строжайше запрещенные законом преступные методы ведения следствия и фальсифицировали дела».

Авторы записки предлагали пересмотреть все уголовные дела на лиц, осужденных за контрреволюционные преступления судебными и внесудебными органами, содержащихся в лагерях, колониях и тюрьмах (467 946 человек), а также на лиц, находящихся в ссылке на поселении (62 462 человека).

Для пересмотра дел предлагалось создать Центральную комиссию под председательством Генерального прокурора Руденко, а в республиках (не имеющих областного деления), краях и областях – комиссии, возглавляемые прокурорами республик, краев и областей.